Schrodinger Suite 2021 v2021.0中文破解版

Schrodinger 2021是一款专门针对医药设计方面的药物设计软件，在医药行业中比较常用，主要针对药品设计方面。这款软件有着十分强大的功能以及领先的技术，为药物设计开发提供了一切所需的步骤和方式。有利研究人员进行药物设计、制造以及分子建模等方面，并且还提供了一个极为舒适的运行环境，而且软件中还包括了非常多的相关的化学结构和资料，为研究人员带来了很大便利，里面的功能也十分卓越，支持各种计算相关的工作，其中包括分子和化学结构的建模、图形绘制以及数值变化趋势建模、生物以及生物结构建模、基础应用环境，还有各种环境条件下针对不同材料的行为检测分析和评估。针对不同分析方面开创了专门的套组工具，对建模生物制剂、基于量子力学的化学系统等方面都有着专业全面的套件。软件的Discovery Informatics Suite功能能够对多学科团队的人员进行实时共享，及时传递和管理数据，是非常实用强大的软件。这里给大家带来的是Schrodinger Suite 2021中文破解版，内置了软件破解文件，解锁永久免费使用权限，需要的朋友快来下载吧。

schrodinger安装破解教程

1、在本站下载安装包并解压，如图所示

2、安装软件，双击setup.exe运行安装程序，选择软件安装位置

3、选择要安装的产品

4、点击start开始安装

5、安装完成，退出向导

6、将Schrodinger2021-2文件夹复制到安装目录中，点击替换目标中的文件，默认路径C:Program FilesSchrodinger2021-2

软件教程

它是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测。

schrodinger软件的优点

1、生物制剂套装
这个易于使用的新套件是从头开始设计的，是对建模生物制剂，抗体和蛋白质非常重要的所有工具的第一个完整集合。
2、材料科学套件
这套创新的新套件为基于量子力学的化学系统模拟提供了功能强大的多功能工具，可在特种化学和材料科学中应用对系统
进行分析和优化。
4、Discovery Informatics Suite
用于协作药物设计的下一代平台使包括医学化学家，生物学家建模人员和IT专业人员在内的多学科团队实时共享，查看和管理数据。
4、PyMOL
PyMOL是一个在开源基础上由用户赞助的分子可视化系统。请通过购买维护和/或支持订阅来支持这种开放，有效且价格合理的软件的开发。

软件新功能

一、Maestro图形界面
1、使用Ligand Designer [2020-3]快速轻松地执行手动或引导导线优化
·通过自动预测蛋白质-配体的复杂几何形状来“设计方式”
二维白板式设计
没有蛋白质的3D设计配体
通过简单的蛋白质相互作用视图设计3D配体
蛋白质全3D设计
·叠加信息对设计至关重要
查看可用于配体生长的结合袋区域
查看蛋白质配体相互作用，包括冲突
查看蛋白质和配体表面
查看由WaterMap确定的可替换和可置换水位
识别适合普通药物化学反应的配体键
·引导式工作流程可加快设计速度
生物甾体替代
等排扫描
更换或置换水位
形成其他蛋白质-配体相互作用
环化配体
杂交配体（合并R-基团）
文件中的码头配体
·使用自定义的R-group库和属性过滤器为您的项目量身定制化学
·通过基于属性的雷达图（MW，logP，HBA，HBD，PSA）快速评估分子的适用性。从PT添加用户属性。
·发送喜爱的设计，以便通过与FEP +的相似性进行等级排序，在LiveDesign中进行后处理和发布，或者发送到Excel
·窥镜全息显示器的渲染性能更快[2020-3]
设定影片
·调整2D叠加层的大小[2020-3]
·允许在蛋白质膜界面选择残基[2020-3]
·3D Builder：从序列中构建DNA和RNA链[2020-3]

二、多序列查看器
现代化设计，新代码，新功能
·从Maestro的主“窗口”菜单或“任务”菜单中快速访问MSV。通过直观，易于导航的界面改善了用户体验，该界面的设计类似于Maestro 11 [2020-3]
支持序列比对和比较，以及用于设置比对方法和调整参数的选项[2020-3]
执行成对序列比对
执行多序列比对
生成成对比较矩阵：根据相似性，同一性或保守性比较整个序列或选定的列
·分层显示各种来源的信息，以增强对序列之间差异或相似性的解释[2020-3]
引入全局注释
按属性应用着色
查看属性指标
快速准确地注释抗体CDR环
可以计算丰富的内置序列描述符，并将值显示在序列旁边的指标列中。
通过这些属性可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。
·同源性建模：带有复选标记的指导性逐步结构预测工作流，指示已完成的步骤[2020-3]
查找同系物（BLAST）
支持多种类型的模型
简单模型：一个目标，一个模板
嵌合模型：一个目标，多个模板
批处理模型：多个目标，一个模板
多链模型：同聚和异聚
·在工作区中与3D结构的平滑集成[2020-3]
轻松链接和取消链接序列到结构
根据整个序列比对或结合位点比对比对结构
一键式切换拆分和组合链表示形式
按结构性质的颜色顺序
将序列颜色应用于工作空间结构，反之亦然
三、OPLS3e力场
默认情况下使用的Schrodinger-ANI选项可加快拟合速度，可通过FFB GUI [2020-3]获得
四、FEP +
1、FEP +小组[2020-3]
集成ForceField Builder + FEP工作流程
使用QuickView循环浏览边的贴图/热点区域数据
能够清除所有/选定的实验数据
UX改进以显示Core SMARTS
消除冗余的SMARTS模式
突出显示与核心SMARTS匹配的节点
GUI支持更改Lambda窗口数
2、ABFEP小组[2020-3]
支持多配体输入
Web服务支持
五、分子动力学
卸下Desmond CPU [2020-3]
六、混合溶剂MD（MxMD）
包括与每个热点匹配的探针结构[2020-3]
七、共价配体对接
在优化步骤[2020-3]中应用用户定义的约束
支持原子名称中包含'的附着原子（即核酸）[2020-3]
八、配体对接
结合使用机器学习和Glide对接测试版，将Active Learning Glide应用于数十亿个化合物的超大型图书馆的对接[2020-3]
九、宏周期
（可选）通过输入文件为宏环化脚本提供输入[2020-3]
生成融合蛋白肽接头设计，ADC接头以及具有能力连接断开分子的融合二聚体配体（仅命令行）[2020-3]

十、诱导对接
IFD-MD速度提高了约5倍，而不会影响精度[2020-3]
十一、药理模型
简化create_hypoConsensus脚本的应用程序，该脚本现在可以读取* .phypo格式[2020-3]
十二、配体对准
通过允许参考配体进行搜索来改进参考配体的规格[2020-3]
修复了多个错误（例如，回溯，作业启动失败）[2020-3]
基于flex_align的作业生成的默认遵循者的默认数量较少，以加快计算速度[2020-3]
添加工具提示[2020-3]
澄清高级选项规范[2020-3]
十三、枚举
通过包含描述和名称来改进名称的反应搜索[2020-3]
十四、化学信息学
通过Canvas指纹或属性创建和应用Kohonen自组织地图-测试版[2020-3]
创建并应用单独的分类和连续QSAR模型，完全控制所应用的功能和机器学习-beta [2020-3]
使用kPLS，MLR，PCR，Bayes或递归分区机器学习技术创建并做出预测
使用各种Canvas指纹，原子和分子描述符或用户提供的描述符来创建机器学习模型
可视化来自kPLS模型预测的原子贡献
自动或手动创建测试/训练集拆分
十五、基于经验和基于质量管理的pKa预测
允许在Jaguar pKa中进行常规和自定义的OPLS3e力场进行构象搜索[2020-3]
十六、QM / MM（QSite）
QSite现在支持OPLS3e力场[2020-3]
十七、量子力学
莫斯鲍尔光谱[2020-3]
在将VCD光谱与Spectrum_align.py [2020-3]对准时，可以选择使用鲁棒峰
计算在一定压力范围内的热化学性质[2020-3]
环链互变异构体现在可以在AutoConf.py工作流程中生成并评分[2020-3]
.cosmo文件用于COSMO-RS计算[2020-3]
从命令行启动的批处理计算现在可以选择输出并分组失败的子作业，以简化其进一步处理[2020-3]
十八、结合位点表征
通过新的激酶_conservation_analysis.py脚本执行激酶结合位点残基保守性分析[2020-3]
返回独特的残基对，可优化小分子的选择性
原子水平特性标注了在整个基因家族中最独特的残基对
十九、蛋白质同源性建模
从命令行[2020-3]支持增强对所有Prime优化作业（循环预测，侧链预测，结合位点优化等）中的最小化参数的控制
二十、低温电磁
使用PHENIX / OPLS3e自动进行约束权重扫描，以确定理想权重[2020-3]
PHENIX / OPLS3e-改进稳定性，支持多coformer，支持编写PDB文件[2020-3]
二十一、工作流程和流水线
1、支持最新版本的KNIME（v4.2，但包括v4.1.3）[2020-3]
2、作为LiveDesign模型节点上传[2020-3]
将任何LiveReport列作为输入的通用协议
可以将药理学假说添加到LiveReport中
在计算模型下的指定文件夹中创建模型
协议和模型可以通过python脚本上传
避免KNIME版本不兼容的选项

解决方案

（一）高通量虚拟筛选：薛定谔软件的虚拟筛选功能在35个CPU的集群上每天可以筛选150万个化合物。提供一站式的设置界面，用户可以定义特定的性质，以便过滤掉不满足性质的化合物；所需模块：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision；
（二）药效团和3D-QSAR：薛定谔提供的药效团和3D-QSAR的解决方案，在没有受体信
息的情况下，科研人员可以用活性配体的信息进行新药设计；所需模块：Phase, Confgen, Ligprep, MacroModel, Strike；
（三）精确对接：针对虚拟筛选后的富集化合物库或者用户自己特定的化合物库，利用薛定谔软件提供的精确对接模式可以考虑以下两种真实环境，得到的精确度结果可以和实验的结果相匹配：
（1）配体小分子对蛋白活性位点结构的诱导(Induced Fit)；所需模块：Glide, Prime, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, LigPrep, QikProp；
（2）蛋白分子诱导配体分子电荷的极化(QPLD)，所需模块：Glide, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, Qsite, Ligprep, Jaguar, QikProp；
（四）全新药物设计（de novo design）：薛定谔软件提供的me-too和me-better药物设计解决方案，允许用户替换已知化合物的侧链或者母核；所需模块：CombiGlide, Glide, Ligprep, Qikprop；
（五）酶催化，金属酶研究（QM/MM方法）：薛定谔软件提供的QM/MM方法可以考虑蛋白活性位点的化学反应。所需模块：Qsite, Jaguar；
（六）生物分子结构模拟：可以精确模建蛋白、核酸、多糖结构；所需模块Prime, MacroModel；
（七）ADME性质预测：应用于药理方面的研究；所需模块：QikProp；
（八）化学信息学：薛定谔软件的化学信息学解决方法提供以下专业算法：二元指纹向量聚类分析；相似性分析；层次聚类方法；化学过滤方法；多样性分析；sphere exclusion diversity;字结构搜索；独特的SMILES产生法；多元线性回归；偏最小二乘回归；主成份分析；主成份回归分析；神经网络算法；朴素贝叶斯分析算法；自组织特征映射法；所需模块：Canvas；